Organami PARP są Prezes oraz Rada Nadzorcza.

Nadzór nad działaniami PARP sprawuje Rada Nadzorcza. W jej skład wchodzą przedstawiciele kluczowych dla rozwoju gospodarczego Ministerstw: Gospodarki, Rozwoju Regionalnego, Finansów, a także przedstawiciele organizacji zrzeszających przedsiębiorców i pracodawców (Konfederacji Pracodawców Polskich, Polskiej Konfederacji Pracodawców Prywatnych „Lewiatan", Związku Rzemiosła Polskiego, Krajowej Izby Godpodarczej oraz Naczelnej Rady Zrzeszeń Handlu i Usług). Ponadto w Radzie Nadzorczej PARP zasiada reprezentant regionalnych władz samorządowych. Więcej informacji na temat Rady Nadzorczej (link)

Prezes jest bezpośrednim przełożonym Zastępców Prezesa, dyrektorów departamentów oraz biur oraz innych pracowników niewchodzacych w skład departamentów lub biur.

W skład Biura Agencji wchodzą 23 komórki organizacyjne.